In install.packages(“devtools“, verbose = TRUE) :

错误于curl::curl_download("https://r-lib.github.io/gert/libgit2-1.1.0.x86_64_legacy-linux.tar.gz", : Timeout was reached: [] Connection timed out after 10004 milliseconds 停止执行 Using PKG_CFLAGS= Using PKG_LIBS=-lgit2 ----------------------------- ANTICONF ------------------------------- Configuration failed to find libgit2 library. Try installing: * brew: libgit2 (MacOS) * deb: libgit2-dev (Debian, Ubuntu, etc) * rpm: libgit2-devel (Fedora, CentOS, RHEL) If libgit2 is already installed, check that 'pkg-config' is in your PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libgit2.pc file. If pkg-config is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via: R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...' -------------------------- [ERROR MESSAGE] --------------------------- <stdin>:1:18: fatal error: git2.h: 没有那个文件或目录 compilation terminated. ---------------------------------------------------------------------- ERROR: configuration failed for package ‘gert’ * removing ‘/home/hadoop/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4/gert’ * installing *source* package ‘gh’ ... ** 成功将‘gh’程序包解包并MD5和检查 ** using staged installation ** R ** inst ** byte-compile and prepare package for lazy loading ** help *** installing help indices *** copying figures ** building package indices ** installing vignettes ** testing if installed package can be loaded from temporary location ** testing if installed package can be loaded from final location ** testing if installed package keeps a record of temporary installation path * DONE (gh) 12): succeeded '/usr/lib/R/bin/R CMD INSTALL -l '/home/hadoop/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4' '/tmp/Rtmpwy2sQs/downloaded_packages/gh_1.4.1.tar.gz'' ERROR: dependency ‘httpuv’ is not available for package ‘shiny’ * removing ‘/home/hadoop/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4/shiny’ ERROR: dependencies ‘systemfonts’, ‘textshaping’ are not available for package ‘ragg’ * removing ‘/home/hadoop/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4/ragg’ ERROR: dependency ‘gert’ is not available for package ‘usethis’ * removing ‘/home/hadoop/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4/usethis’ ERROR: dependency ‘shiny’ is not available for package ‘miniUI’ * removing ‘/home/hadoop/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4/miniUI’ ERROR: dependency ‘ragg’ is not available for package ‘pkgdown’ * removing ‘/home/hadoop/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4/pkgdown’ ERROR: dependencies ‘usethis’, ‘miniUI’, ‘pkgdown’ are not available for package ‘devtools’ * removing ‘/home/hadoop/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4/devtools’ 下载的程序包在 ‘/tmp/Rtmpwy2sQs/downloaded_packages’里警告信息: 1: In install.packages("devtools", verbose = TRUE) : 安装程序包‘httpuv’时退出狀態的值不是0 2: In install.packages("devtools", verbose = TRUE) : 安装程序包‘systemfonts’时退出狀態的值不是0 3: In install.packages("devtools", verbose = TRUE) : 安装程序包‘textshaping’时退出狀態的值不是0 4: In install.packages("devtools", verbose = TRUE) : 安装程序包‘gert’时退出狀態的值不是0 5: In install.packages("devtools", verbose = TRUE) : 安装程序包‘shiny’时退出狀態的值不是0 6: In install.packages("devtools", verbose = TRUE) : 安装程序包‘ragg’时退出狀態的值不是0 7: In install.packages("devtools", verbose = TRUE) : 安装程序包‘usethis’时退出狀態的值不是0 8: In install.packages("devtools", verbose = TRUE) : 安装程序包‘miniUI’时退出狀態的值不是0 9: In install.packages("devtools", verbose = TRUE) : 安装程序包‘pkgdown’时退出狀態的值不是0 10: In install.packages("devtools", verbose = TRUE) : 安装程序包‘devtools’时退出狀態的值不是0

从错误信息来看，你遇到了多个包安装失败的问题，大部分是由于缺少依赖项或者网络连接问题导致的。

排查步骤和建议：

检查网络连接：
- 首先确保你的网络连接正常，因为部分包在安装过程中出现了连接超时的情况（如 curl, xml2 等）。
安装缺失的依赖项：
- 根据每个错误信息提供的建议，安装缺失的依赖项。比如：
  - 对于 curl，安装 libcurl4-openssl-dev。
  - 对于 xml2，安装 libxml2-dev。
  - 对于 systemfonts，安装 libfontconfig1-dev 和 libfreetype6-dev。
  在终端中使用以下命令安装这些依赖项：
  
  sudo apt-get update sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev libfontconfig1-dev libfreetype6-dev
重新安装 R 包：
- 在安装完所有必要的依赖项后，重新尝试安装 R 包。可以逐个安装，以确保每个包都安装成功。
  
  install.packages("curl") install.packages("xml2") install.packages("systemfonts") # 等等，依次安装其他的包
处理警告信息：
- 如果安装过程中有警告信息，可以根据需要决定是否需要进一步处理。警告通常不会阻止包的安装，但有时可能需要关注特定的问题。
继续安装依赖缺失的包：
- 由于依赖关系，可能需要先安装一些基础包，然后再安装上层的包。例如，安装 devtools 之前可能需要先安装 usethis、miniUI、pkgdown 等。
  
  install.packages("usethis") install.packages("miniUI") install.packages("pkgdown") install.packages("devtools")
处理安装失败：
- 如果某个包的安装失败，可以尝试重新运行安装命令，或者查看具体的错误信息，寻找解决方法。有时候网络问题可能导致安装失败，需要重新尝试。
清理不需要的软件包：
- 最后，根据系统提示，使用 sudo apt autoremove 命令清理掉不再需要的自动安装的软件包，以释放磁盘空间。